Είναι χαρακτηριστικό και κοινά αποδεκτό πλέον ότι στη διάρκεια των εθνικών μας αγώνων για την κατάκτηση της ελευθερίας και την εδραίωση της ανεξαρτησίας της πατρίδος μας, η εθνική και η Εκκλησιαστική δράση υπήρξαν ταυτόσημες. Δεν συνέβη ποτέ η Εκκλησία σ’ αυτόν τον τόπο να μην είναι μπροστάρισα στους αγώνες του λαού μας για την προάσπιση των εθνικών μας δικαίων αναδεικνύοντας ηγετικές φυσιογνωμίες οι οποίες έδρασαν με αυτοθυσία και χάραξαν τους πρώτους δρόμους της αντίστασης ενάντια στην ξένη επιβουλή και τυραννία. Η προσφορά και η αντίσταση μάλιστα της Εκκλησίας στη διάρκεια της Γερμανικής κατοχής υπήρξαν τόσο έντονες και χαρακτηριστικές ώστε ουδείς αντικειμενικός παρατηρητής να μην μπορεί να τις αμφισβητήσει, ενώ υπήρξαν και πολλοί, μεταξύ των οποίων και ο γνωστός αγωνιστής της Αριστεράς Μανόλης Γλέζος, που υπερθεμάτισαν και έκλιναν γόνυ τομής κι ευγνωμοσύνης στους Αρχιεπισκόπους, Αρχιερείς, Κληρικούς και Μοναχούς που έδειξαν το δρόμο της αντίστασης στους υπόδουλους Έλληνες κι έβαλαν τις βάσεις για την κατάκτηση της πολυπόθητης ελευθερίας.
Ο πρώτος ουσιαστικός αντιστασιακός, πριν καν ξεκινήσει το αντιστασιακό κίνημα στην γερμανοκρατούμενη Ελλάδα, υπήρξε ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών & Πάσης Ελλάδος Χρύσανθος Φιλιππίδης. Ευλογώντας τους στρατιώτες μας στο ξεκίνημα τους για το μέτωπο τους αποχαιρέτησε με αυτά τα λόγια: «Η Εκκλησία ευλογεί όπλα τα ιερά και πέποιθεν ότι τα τέκνα της πατρίδος ευπειθούν εις το κέλευσμα Αυτής και του Θεού και θα σπεύσουν, εν μια ψυχή και καρδία, να αγωνιστούν υπέρ βωμών και εστιών και της ελευθερίας και τιμής και θα συνεχίσουν ούτω την απ’ αιώνων πολλών αδιάκοπον σειράν των τιμίων και ενδόξων αγώνων και θα τιμήσουν τον ωραίον θάνατον από την άσχημον ζωήν της δουλείας… Επιρρίψωμαι εις Κύριον την μέριμναν ημών και Αυτός θα είναι βοηθός και αντιλήπτωρ εν τη αμύνη κατά της αδίκου επιθέσεως των εχθρών…». Τη Κυριακή 27 Απριλίου 1941, ημέρα της εισόδου των γερμανικών στρατευμάτων στην Αθήνα, ο Αρχιεπίσκοπος κήρυξε ουσιαστικά τον αντιστασιακό αγώνα προβαίνοντας ο ίδιος σε τρεις μοναδικές και συνάμα άκρως επικίνδυνες εθνικές πράξεις: «Περιφρονών την δύναμιν των επιδρομέων, την αλόγιστον βίαν των και τας διαβιβασθείσας αυτώ απειλάς των, ηρνήθη κατηγορηματικώς να μετάσχη της Επιτροπής της ορισθείσης, παρά του στρατιωτικού διοικητού, προς υπογραφήν του πρακτικού παραδόσεως των Αθηνών, ως ανοχυρώτου πόλεως, εις τας γερμανικάς ορδάς. Ο Χρύσανθος εις τας σχετικάς πιέσεις απήντησε: “Ο Αρχηγός της Εκκλησίας δεν παραδίδει την πρωτεύουσαν της πατρίδος του εις ουδένα ξένον. Ο Αρχηγός της Εκκλησίας εν καθήκον έχει: να φροντίσει διά την απελευθέρωσίν της” (Κων/νου Βοβολίνη, «Η Εκκλησία εις τον αγώνα της ελευθερίας 1453 – 1953», σελ. 269). Λίγο αργότερα έφθασε το δεύτερο μήνυμα από άνθρωπο του Δήμου, σύμφωνα με το οποίο ο Αρχιεπίσκοπος έπρεπε να μεταβεί στην Μητρόπολη για να τελέσει επίσημη δοξολογία επί τη εισόδω των γερμανικών στρατευμάτων. «Αυθόρμητα, όμως απάντησε “Δοξολογία δεν έχει θέση επί τη υποδουλώσει της πατρίδος μας. Η ώρα της Δοξολογίας θα είναι άλλη…” Επακολούθησε και τρίτη ειδοποίηση ότι ζητεί να τον επισκεφθεί ο Γερμανός στρατιωτικός διοικητής Φον Στούμμε. Ο τότε Αρχιδιάκονός του και σημερινός Μητροπολίτης Πατρών Νικόδημος διηγείται: “Οδήγησα τον επισκέπτη στο γραφείο του Αρχιεπισκόπου. Ομίλησαν γερμανικά. Ο επισκέπτης άρχισε με φιλόφρονες φράσεις. Ο Αρχιεπίσκοπος απάντησε “Έχω καθήκον, ως Αρχηγός της Εκκλησίας της Ελλάδος, να σας συστήσω να σεβασθεί η Γερμανική διοίκησις τον ηρωικόν λαό της χώρας αυτής, διά να αποφευχθούν δυσάρεστα γεγονότα… η Ελληνική Εκκλησία ευρέθη πάντοτε παρά το πλευρόν του Ελληνικού λαού εις τους αγώνας του, αξία της εμπιστοσύνης του και να είσθε βέβαιοι ότι δεν θα λείψει να πράξη το καθήκον της και κατά την κρίσιμον αυτήν περίστασιν”». Αργότερα ο Χρύσανθος αρνήθηκε να ορκίσει την γερμανοπρόβλητη κυβέρνηση Τσολάκογλου λέγοντας: «Δεν μπορώ να ορκίσω κυβέρνησιν προβληθείσαν υπό του εχθρού. Ημείς γνωρίζομεν ότι τας Κυβερνήσεις ορίζει ο λαός και ο Βασιλεύς. Εδώ τώρα ούτε ο λαός εψήφισε την Κυβέρνησιν, ούτε ο Βασιλεύς την όρισε. Πώς μου ζητείτε να ορκίσω Κυβέρνησιν υποδειχθείσαν υπό του εχθρού, διά να είναι άβουλον όργανόν του;» («Μνήμες και μαρτυρίες από το ΄40 και την κατοχή»).
Η παραπάνω στάση του Χρυσάνθου, η οποία έδωσε το μήνυμα της Εθνικής Αντίστασης προς τον εχθρό, οδήγησε στην πτώση του από τον Αρχιεπισκοπικό θρόνο στις 2 Ιουλίου 1941. Ο ίδιος, όμως, δεν έπαυσε ν’ αντιστέκεται και μετέτρεψε το σπίτι του στην Κυψέλη, σε φωλιά αντιστασιακού αγώνα, απ’ όπου λειτουργούσε παράνομα, επί τρία χρόνια, ασύρματο, διά του οποίου επικοινωνούσε τόσο με την εξόριστη Ελληνική κυβέρνηση στην Αίγυπτο όσο και με το συμμαχικό στρατηγείο, δίδοντας οδηγίες και παρέχοντας πληροφορίες στους Έλληνες αντιστασιακούς μαχητές.
Ο τελευταίος διάδοχός του, Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος, προλογίζοντας τον τόμο με τις βιογραφικές αναμνήσεις του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρυσάνθου, του από Τραπεζούντος, σημειώνει: «… η στάση του έναντι των ναζιστών κατακτητών, αποτελεί χρυσή σελίδα στην εθνική και Εκκλησιαστική μας ιστορία και ήταν συνέχεια της αγίας βιωτής των μεγάλων Ομολογητών της πίστεώς μας… οι οποίοι ήσαν φωτεινά παραδείγματα τρόπου και στάσης ζωής για τον αείμνηστο προκάτοχό μου και πρέπει ν’ αποτελούν οδοδείκτες για τη ζωή όλων μας».