Οἱ σκοποί πού ἐξυπηρετεῖ ἡ Συνοδική Ἐπιτροπή ἐπί τῶν Αἱρέσεων εἶναι:
- Ἡ μελέτη τοῦ σκηνικοῦ, τοῦ τρόπου δράσεως καί τῶν προπαγανδῶν τῶν δραστηριοποιουμένων αἱρετικῶν καί παραθρησκευτικῶν ὁμάδων καί ἀτόμων.
- Ἡ ἔγκαιρος ἐνημέρωσις τῶν ὑπευθύνων ποιμένων τῆς Ἐκκλησίας καί ἡ ἐπιμόρφωσις τῶν ἐκκλησιαστικῶν στελεχῶν ἐπί ζητημάτων ἀντιμετωπίσεως τῶν εἰρημένων προπαγανδῶν, δι’ ἐτησίων τακτικῶν συνελεύσεων τῶν ὑπευθύνων τῶν Ἱερῶν Μητροπόλεων καί ἀποστολῆς κατατοπιστικῶν ἐγκυκλίων ὑπομνημάτων.
- Ἡ ὀργάνωσις καί ὁ συντονισμός τῆς ὁμολογιακῆς καί αντιρρητικῆς διακονίας τῆς Ἐκκλησίας ἐν συνεργασίᾳ μετά τῶν ὁμοειδῶν φορέων τῶν ὁμοδόξων Ἐκκλησιῶν.
- Ἡ ὑποχρεωτική ἄμεσος ἐσωτερική ἐνημέρωσις τῶν Γραφείων τῶν Σ.Ε., ὑπό τήν ἀμοιβαίαν εὐθύνην τῶν Γραμματέων αὐτῶν, πρός ἀξιοποίησιν –ὅπου δεῖ– τῶν πορισμάτων, τῆς ὅλης λειτουργίας καί τῶν διοργανώσεων τῆς Σ.Ε. ἐπί τῶν Αἱρέσεων, διά τά ἐπί μέρους ποιμαντικά προγράμματα τῶν λοιπῶν Σ.Ε.
- Ἡ συνεργασία μετά φορέων ἰδιωτικῆς πρωτοβουλίας, ἀσχολουμένων μέ τό αὐτό ἀντικείμενον.
- Ἡ παρακολούθησις τῆς αἱρετικῆς καί ἀντιαιρετικῆς βιβλιογραφίας καί ἡ διοργάνωσις βιβλιοθήκης καί ἀρχείου.
- Ἡ ποιμαντική ἀντιμετώπισις περιπτώσεων θυμάτων ἤ τῶν οἰκογενειῶν αὐτῶν.
- Ἡ νομική ἐπεξεργασία κειμένων καί ἡ ἀντιμετώπισις περιπτώσεων, ἐν συνεργασίᾳ μετά τῆς Νομικῆς Ὑπηρεσίας τῆς Ἐκκλησίας.
- Ἡ ἔκδοσις ἐνημερωτικῶν φυλλαδίων, κατά τό δυνατόν ἐκλαϊκευμένων, πρός πλήρη, σαφή, ἀντικειμενικήν καί τεκμηριωμένην κατατόπισιν τῶν ἐφημερίων, τῶν κατηχητῶν, τοῦ λαοῦ ἐπί τῶν ὀλεθρίων ἀποτελεσμάτων τῆς προπαγανδιστικῆς καί ὑπούλου δράσεως τῶν ἐν λόγῳ ὁμάδων, κυρίως δέ πρός σαφή ὁριοθέτησιν καί ἐμπέδωσιν τῆς Ὀρθοδόξου χριστιανικῆς πίστεως καί ζωῆς ἔναντι τῶν τοιούτων διδασκαλιῶν.
- Ἡ διερεύνησις τοῦ ἐνδεχομένου προβολῆς τῶν ἀντιρρητικῶν θέσεων τῆς Ἐκκλησίας διά τῶν ἠλεκτρονικῶν μέσων πληροφορήσεως ἐν Ἑλλάδι καί ἐκτός αὐτῆς.
- Ἡ διοργάνωσις πανελληνίων και διορθοδόξων Συνεδρίων.
- Ἡ συνεργασία καί ἐνημέρωσις τῶν κρατικῶν Ἀρχῶν ἐπί τῆς δράσεως τῶν αἱρέσεων, παραθρησκειῶν καί ἄλλων κινημάτων προσβαλλόντων τά ἀνθρώπινα δικαιώματα.
- Ἡ παρακολούθησις τῆς ἑλληνικῆς καί διεθνοῦς νομολογίας ἐπί τῶν αἱρέσεων καί παραθρησκειῶν.
(Ἀπόσπασμα Κανονισμοῦ τῆς Ἱ. Συνόδου 160/2004 Π.Δ. 140 ΦΕΚ Α΄ 100/20.11.2004)